Benih merupakan faktor penting untuk keberhasilan agribisnis jeruk. Benih yang sehat dan berkualitas akan menghasilkan produksi jeruk yang tinggi dan berumur panjang.

Balitbangtan melalui UPT Balitjestro telah menghasilkan benih sumber BF (Blok Fondasi) dan BPMT ( Blok Penggandaan Mata Tempel) yang telah diindeksing atau dibersihkan dari penyakit. Saat ini benih sumber telah didistribusikan di 28 propinsi di Indonesia. Dengan kondisi tersebut para penangkar benih dapat menghasilkan benih sebar dengan sumber mata tempel yang jelas dan berkualitas. Perawatan benih BF maupun BPMT harus terus di lakukan agar tidak terserang penyakit karena benih bebas penyakit namun tidak tahan terhadap penyakit terutama yang sifatnya sistemik.